27.10.2021
Наш канал в Telegram: https://t.me/berzaru

Искусственный интеллект смог упростить работу с данными об одиночных клетках

scArches single-cell architectural surgery

Немецкие учёные разработали алгоритм искусственного интеллекта, получивший название scArches. Он существенно упрощает работу с данными по транскриптомике одиночных клеток и позволяет сравнивать, аннотировать и интерпретировать данные, сохраняя конфиденциальность. Статья опубликована в журнале Nature Biotechnology.

«Атлас человеческих клеток» — крупнейший справочник, содержащий информацию об экспрессии генов в миллионах отдельных клеток тканей и органов человеческого организма на разных стадиях развития. Такая база данных помогает изучать старение и влияние среды на организм, а также улучшать методы диагностики и лечения заболеваний. Однако базы данных могут содержать ошибки. Кроме того, вычислительных ресурсы не всегда доступны, а совместное использование необработанных данных часто ограничено законом.

Немецкие учёные разработали новый алгоритм искусственного интеллекта «scArches», который позволит избежать обмена необработанными данными между клиниками и исследовательскими центрами. Алгоритм использует трансферное обучение для сравнения новых наборов данных с существующими ссылками, сохраняя при этом конфиденциальность и анонимность. Алгоритм также упрощает аннотирование и интерпретацию новых наборов данных.

Исследователи применили scArches для изучения клеток бронхов, зараженных COVID-19. Они сравнили транскриптомику одиночных клеток пациентов с коронавирусом и здоровых людей. Алгоритм смог безошибочно отделить больные клетки от здоровых как для лёгких, так и для тяжёлых случаев COVID-19. Различия между пациентами никак не повлияли на качество процесса.