Машинное обучение помогло раскрыть секреты устойчивости к противомикробным препаратам

Международная группа учёных исследовала генетические детерминанты устойчивости к противомикробным препаратам (AMR). Они объединили множество передовых методов, включая аннотацию генов, пангеномику и машинное обучение, для идентификации генов AMR у 12 видов бактерий. Их анализ выявил более 900 известных и новых генов, ответственных за AMR у этих видов. Исследование опубликовано в журнале Nature Communications.

Учёные дополнительно подтвердили эффективность рабочего процесса, основанного на машинном обучении, превосходящего традиционные инструменты идентификации генов AMR, такие как Pyseer. В настоящем исследовании использовалась новая модель ансамбля SVM для идентификации, классификации и прогнозирования фенотипов бактерий AMR. Удалось выяснить, что один из механизмов быстрого приобретения устойчивости в бактериальных популяциях при межвидовом переносе генов, связан с плазмидой.